Отвал скоростной на мтз: Скоростной отвал на МТЗ 82, купить по отличной цене

Большая земля

Для трактора МТЗ 82.1-23/, Для трактора МТЗ 1221.2, Для трактора МТЗ 82.1

Отвалы

Автор(ы)

Назначение

Использование

Как работает find_ncs:

Выходные файлы из find_ncs

Что нужно find_ncs:

Примеры

Стандартный запуск find_ncs:

Возможные проблемы

Конкретные ограничения и проблемы:

Литература

Дополнительная информация

Список всех ключевых слов find_ncs

• find_ncs: Том Тервиллигер
• simple_ncs_from_pdb : Том Тервиллигер
• Переводчик команд Фила: Ральф В. Гроссе-Кунстлеве
• find_domain: Питер Цварт

Метод find_ncs идентифицирует NCS в (а) цепочках в PDB файл или (б) набор сайтов тяжелых атомов, или (в) от плотности на карте и выписывает операторы NCS в формы, подходящие для phenix.refine, разрешение, а также мастера AutoSol и AutoBuild.

Как работает find_ncs:

Основные шаги, которые выполняет find_ncs:

• (1) Решите, использовать ли simple_ncs_from_pdb (используется, если входной файл содержит цепочки из PDB-файла) или RESOLVE NCS-идентификация (используется, если входной файл содержит сайты с тяжелыми атомами) или find_ncs_from_density (используется, если предоставляется карта, а сайты не найдены ни одним из вышеперечисленных)
• (2) вызовите либо simple_ncs_from_pdb, либо RESOLVE, либо find_ncs_from_density для идентификации NCS
• (3) Оценить NCS путем расчета корреляции связанных с NCS плотность электронов на основе входного файла коэффициентов карты mtz.
• (4) Отчет об операторах NCS и корреляциях

Выходные файлы, которые создаются:

• Операторы NCS, записанные в формате phenix.refine

   find_ncs.ncs
   

• Операторы NCS, написанные в формате для мастеров PHENIX

   find_ncs.ncs_spec
   

find_ncs нужен файл с коэффициентами карты и, возможно, второй файл содержащую информацию NCS.

Файл с информацией NCS может быть…

• файл PDB с моделью (find_ncs вызовет simple_ncs_from_pdb для извлеките операторы NCS из цепочек в вашей модели)
• файл PDB с сайтами с тяжелыми атомами (find_ncs вызовет RESOLVE для найдите операторов NCS с ваших сайтов тяжелого атома)
• файл определений NCS, написанный мастером PHENIX (например, AutoSol_1.ncs_spec, созданный AutoSol)
• файл журнала RESOLVE, содержащий отформатированные операторы NCS.

Файл с коэффициентами карты может быть любым файлом MTZ с коэффициентами для карта. Если find_ncs не выбирает правильные столбцы автоматически, то вы можете указать их с помощью команды, например:

 лабин = "лабин FP = FP PHIB = PHIB FOM = FOM"
 

Если у вас еще нет коэффициентов карты (у вас просто есть сайты и вы хотите например, чтобы получить операторы), вы можете указать find_ncs игнорировать карту с помощью:

 ncs_parameters.force_ncs=Истина 

Стандартный запуск find_ncs:

Если у вас есть только файл коэффициентов карты, вы можете сказать:

 phenix.find_ncs mlt.mtz
 

Если у вас есть модель и файл карты, из командной строки вы можете тип:

 phenix. find_ncs anb.pdb mlt.mtz
 

Это приведет к следующему результату:

 Получение меток столбцов из mlt.mtz для входного файла карты
ТИП ФАЙЛА: ccp4_mtz
Все метки: ['FP', 'SIGFP', 'PHIC', 'FOM']
Строка Labin будет: labin FP=FP PHIB=PHIC FOM=FOM
Чтобы изменить его, измените это: params.ncs.labin="labin FP=FP PHIB=PHIC FOM=FOM"
 

Это карта, которая будет использоваться для оценки NCS.

 Чтение информации NCS из: anb.pdb
Копирование mlt.mtz в temp_dir/mlt.mtz
Этот файл PDB содержит 2 цепочки и всего 636 остатков.
и 636 атомов C-альфа или P и всего 4740 атомов
NCS будет найден с использованием цепочек в этом файле PDB.
Цепочки в этом файле PDB: ['M', 'Z']
 

В файле anb.pdb были найдены две цепочки, цепочка M и цепочка Z

 ГРУППЫ НА ОСНОВЕ БЫСТРОГО СРАВНЕНИЯ: []
Ищем инвариантные домены для ...: ['M', 'Z'] [[[2, 138], [193, 373]], [[2, 138], [193, 373]]]
 

Остатки 2-138, 193-373, сопоставленные между двумя цепочками

 Копирование mlt. mtz в temp_dir/mlt.mtz
Копирование temp_dir/NCS_correlation.log в NCS_correlation.log
Файл журнала для корреляции NCS находится в NCS_correlation.log.
Список уточненных корреляций NCS: [1.0, 0.80000000000000004]
 

Были две отдельные группы остатков, которые имели разные NCS. отношения. Остатки 193-373 каждой цепи находились в одной группе, а остатки 2-138 в каждой цепи находились в другой группе.

Карта электронной плотности имела корреляцию между двумя связанными с NCS цепочки 1,0 для первой группы и 0,8 для второй

Операторы NCS для каждого перечислены.

 ГРУППА 1
Резюме группы NCS с 2 операторами:
Идентификатор цепи/остатка, где они применимы: [['M', 'Z'], [[[193, 373]], [[193, 373]]]]
СКО (A) от цепи M: 0,0 0,0
Количество остатков, соответствующих цепи M: [181, 181]
Источник информации NCS: anb.pdb
Корреляция NCS: 1,0
ОПЕРАТОР 1
ЦЕНТР: 69.1058 -9.5443 59.4674
РОТА 1: 1,0000 0,0000 0,0000
РОТА 2: 0,0000 1,0000 0,0000
РОТА 3: 0,0000 0,0000 1,0000
ТРАНС: 0,0000 0,0000 0,0000
ОПЕРАТОР 2
ЦЕНТР: 37. 5004 -37.0709 -62.5441
РОТА 1: 0,7751 -0,6211 -0,1162
РОТА 2: -0,3607 -0,5859 0,7256
РОТА 3: -0,5188 -0,5205 -0,6782
ТРАНС: 90,7485 27,6460 17,2076
ГРУППА 2
Резюме группы NCS с 2 операторами:
Идентификатор цепочки/остатка, где они применимы: [['M', 'Z'], [[[2, 138]], [[2, 138]]]]
СКО (A) от цепи M: 0,0 0,0
Количество остатков, соответствующих цепи M: [137, 137]
Источник информации NCS: anb.pdb
Корреляция NCS: 0,8
ОПЕРАТОР 1
ЦЕНТР: 66.6943 -13.3128 21.6769
РОТА 1: 1,0000 0,0000 0,0000
РОТА 2: 0,0000 1,0000 0,0000
РОТА 3: 0,0000 0,0000 1,0000
ТРАНС: 0,0000 0,0000 0,0000
ОПЕРАТОР 2
ЦЕНТР: 390,0126 -53,7392 -13,4457
РОТА 1: 0,3702 -0,9275 -0,0516
РОТА 2: -0,8933 -0,3402 -0,2938
РОТА 3: 0,2549 0,1548 -0,9545
ТРАНС: 1,7147 -0,6936 7,2172
 

Особые ограничения и проблемы:

• Нет

Список всех ключевых слов find_ncs

  -------------------------------------------------- ------------------------------ 
Легенда: черный  полужирный  - названия прицелов
        черный - имена параметров
        красный - значения параметров
        синий - справка по параметрам
          синий полужирный  - помощь прицела
        Значения параметров:
          * означает выбранный параметр (где доступно несколько вариантов)
          Ложь это нет
          Правда это да
          «Нет» означает «не предоставлено», «не предопределено» или «оставлено на усмотрение программы». 
          «%3d» — это дескриптор форматирования в стиле Python.
  -------------------------------------------------- ------------------------------ 
  найти_ncs 
     входные_файлы 
      ncs_in_type= *Нет цепочек сайтов ncs_file Тип информации ncs.
                   Возможные варианты: цепочки: файл PDB с двумя или более цепочками.
                   которые имеют последовательную систему нумерации остатков. сайты: а
                   Файл PDB или файл с дробными координатами с атомарным
                   позиции тяжелых атомов, которые показывают NCS ncs_file: ncs
                   объектный файл из PHENIX.
      ncs_in= None Файл с информацией NCS (файл PDB с сайтами тяжелых атомов
              или с цепочками, связанными с NCS) или объектом NCS
      mtz_in= Нет Файл MTZ с коэффициентами для карты, который можно использовать для
              оценить НКС. Требуется для обнаружения NCS с сайтов тяжелых атомов
      labin= "" Строка Labin для файла MTZ с коэффициентами карты.  Это
             необязательно, если find_ncs может угадать правильные коэффициенты для FP
             ФИ и ФОМ. В противном случае укажите: LABIN FP=myFP PHIB=myPHI
             FOM=myFOM, где myFP — метка вашего столбца для FP
     выходные_файлы 
      params_out= find_ncs_params.eff Файл параметров для повторного запуска find_ncs
      ncs_out= find_ncs.ncs_spec Выходной файл с информацией NCS
     кристалл_информация 
      разрешение = нет предела высокого разрешения для расчета карты
     каталогов 
      temp_dir= "temp_dir" Временный рабочий каталог
      output_dir= "" Выходной каталог, куда будут записаны файлы
     управление 
      verbose= Истинный подробный вывод
      debug=False Вывод отладки
      поднять_сорри = False Поднять извините, если проблемы
      dry_run=False Просто прочитайте и проверьте имена параметров
      require_nonzero= True Требовать ненулевые значения в столбцах данных для
                       рассмотреть возможность чтения в. 
     ncs_parameters 
      ncs_restrict= 0 Вы можете указать количество операторов NCS для поиска
      force_ncs=False Вы можете указать find_ncs игнорировать карту. это полезно
                 если у вас есть только FP, но еще нет фаз...
      optimize_ncs= False Вы можете указать find_ncs оптимизировать NCS, сделав
                    максимально компактная молекула.
      try_density_after_ha= True Если поиск NCS с использованием сайтов ha не
                            дают корреляцию NCS по крайней мере target_ncs_cc или
                            количество операторов меньше
                            target_ncs_operators затем попробуйте напрямую найти NCS
                            от плотности
      target_ncs_operators= None Количество ожидаемых операторов NCS (используется для
                            решить, стоит ли попробовать поиск по плотности)
      ncs_copies_max= None Максимальное количество разрешенных операторов NCS в плотности
                      поиск
      target_ncs_cc= 0,80 Ожидаемая корреляция NCS
      n_try_ncs= 3 Количество попыток найти ncs с сайтов с тяжелыми атомами
      ncs_thorough= 8
      ha_ds_window= Нет Используется для указания окна длин атом-атом в
                    поиск тяжелых атомов.  Никто не использует значения по умолчанию
      ha_window_max= 30 Используется для указания максимальной длины атома-атома в тяжелом атоме.
                     поиск. Ни один из них не использует значения по умолчанию. Укажите большее расстояние до
                     смотреть внимательнее, на более короткое расстояние, чтобы ускорить
                     процесс
      dist_cut_ncs = Нет Тщательность для поиска сайтов с тяжелыми атомами
                    (высокий = более тщательный)
      min_length= 10 минимальное количество совпадающих остатков в сегменте
  find_ncs_from_density 
     входные_файлы 
      mtz_in= Нет Файл MTZ с коэффициентами для карты
      labin= "" Строка Labin для файла MTZ с коэффициентами карты. Это
             необязательно, если find_ncs_from_density может угадать правильный
             коэффициенты для ФП ФИ и ФОМ. В противном случае укажите: LABIN FP=myFP
             PHIB=myPHI FOM=myFOM, где myFP — метка вашего столбца для FP
      center_pdb_in= Нет Дополнительный файл PDB со списком центров плотности для
                     использовать в качестве модели поиска
      density_mtz_in= Нет Файл MTZ с коэффициентами для плотности около
                      центр определяется первым атомом в center_pdb_in (обязательно)
                      ПРИМЕЧАНИЕ.  Должна находиться в космической группе p1 с идентичной ячейкой.
                      mtz_in
      Density_labin= "" Строка Лабина для файла MTZdensity_mtz_in. Это
                     необязательно, если find_ncs_from_density может угадать правильный
                     коэффициенты для ФП ФИ и ФОМ. В противном случае укажите: ЛАБИН
                     FP=myFP PHIB=myPHI FOM=myFOM, где myFP — ваш столбец
                     этикетка для ФП
     выходные_файлы 
      center_pdb_out=guess_morph_centers.pdb Выходной PDB-файл с координатами
                       центров
      log= find_ncs_from_density.log Выходной файл журнала
      ncs_spec_file= 'find_ncs_from_density.ncs_spec' файл спецификации NCS
                     со всей информацией NCS
      params_out= find_ncs_from_density_params.eff Файл параметров для повторного запуска
                  find_ncs_from_density
     каталогов 
      temp_dir= "temp_dir" Временный рабочий каталог
      output_dir= "" Выходной каталог, куда будут записаны файлы
     плотность_поиска 
      density_radius= 10.  Радиус плотности, который нужно вырезать и сравнивать
      peak_separation= 15 Минимальное расстояние между центрами. Используйте о
                       1,5*плотность_радиус
      density_peaks= 20 Количество пиков плотности, связанных с NCS, для вывода
      delta_phi= 20 Угловой интервал поиска
      ncs_copies_max= None Максимальное количество копий NCS для поиска
      min_ratio_to_top_cc= 0,75 Пики будут поддерживаться до ncs_copies_max, или
                           min_ratio_to_top_cc * лучшая копия, какая бы ни была
                           первый
      Minimum_ncs_cc= 0,40 Общий NCS CC при полном разрешении должен быть не менее
                      это высокое
      dump_ncs_density=False Вы можете сделать дамп 1 файла mtz для каждого возможного NCS.
                        скопируйте, чтобы увидеть, настоящий ли NCS. Каждый файл
                        локальная карта преобразована в ориентацию и
                        позиция копии 1, поэтому все они должны накладываться друг на друга
     find_centers 
      smoothing_radius= 10.  Радиус для сглаживания квадрата плотности, чтобы найти
                        центры Выберите меньшее значение, чтобы получить больше центра
                        догадки
      n_center_find= Нет Целевое количество центров для поиска Радиус сглаживания
                     будет варьироваться от 2 до 2*smoothing_radius и значение
                     указание количества пиков, ближайших к n_center_find, будет
                     использоваться
      n_center_use= 1 Количество местоположений, которые следует рассматривать как молекулярные центры в
                    поиск по плотности
     кристалл_информация 
      разрешение= 4. Предел высокого разрешения для расчета карты Полезно
                  урезать разрешение на 3-5 А. Если использовать более высокое разрешение,
                  используйте более тонкий delta_phi
      растворитель_фракция = 0,5 доли растворителя
     управление 
      verbose= Истинный подробный вывод
      debug=False Вывод отладки
      поднять_сорри = False Поднять извините, если проблемы
      dry_run=False Просто прочитайте и проверьте имена параметров
      resolve_command_list= None Здесь вы можете указать любую команду разрешения ПРИМЕЧАНИЕ:
                            для использования в командной строке вам необходимо заключить
                            весь набор команд в двойных кавычках ("")
                            и каждая отдельная команда в одинарных кавычках (')
                            вот так: resolve_command_list="'no_build'
                            'b_общий 23' "