МТЗ, история марки MTZ, модели , фото и характеристики: Автомобили Беларусии/ Лаборатория автотюнинга
Основанное в конце мая 1946 года производственное объединение под названием Минский Тракторный Завод сегодня, в начале ХХІ столетия, является одним из крупнейших заводов не только на территории СНГ, но и во всём мире, среди предприятий, производящих специальную и сельскохозяйственную технику.
На сегодняшний день производственные мощности МТЗ позволяют выпускать с конвейера не только трактора, но и иные транспортные средства специального назначения, используемые в сельском и коммунальном хозяйстве, на производстве и многих других видах деятельности. При этом ассортимент машин, производимых заводом, регулярно расширяется, а качество производства стабильно повышается. По состоянию на 2010 год на Минском Тракторном Заводе работает около 20 000 человек, благодаря усилиям которых предприятие производит более 60 моделей тракторов и других спецмашин одновременно.
Однако МТЗ не сразу начал производить сельскохозяйственную и специальную технику. В самые первые месяцы и даже годы своей деятельности предприятие разрабатывало пусковой двигатель ПД-10, затем специалисты завода работали над гусеничной машиной модели КД-35, и лишь в 1953 году начался одновременный выпуск тракторов МТЗ-2 и КТ-12. За ними последовала ещё одна интересная модель ТДТ-40, предназначенная для работы на лесосплавах и в условиях бездорожья, серийный выпуск которой стартовал в 1956 году – за два года до того, как предприятие отпраздновало свой первый производственный юбилей – в 1958 с конвейера сошёл 100-тысячный трактор МТЗ.
1960-е годы прошли под знаком универсальных тракторов моделей МТЗ-50 и МТЗ-52. Именно за разработку этих моделей в 1966 году предприятие получило знак отличия – Орден Ленина, а за достижение успехов в области производства сельскохозяйственной техники последовала ещё одна награда – Орден Октябрьской Революции, который предприятие получило уже в новом десятилетии – в январе 1971 года.
Вскоре с заводского конвейера сошёл миллионный экземпляр трактора производства МТЗ, после чего руководство завода решило сделать упор на экспорт – уже к середине 70-х в десятки стран мира поставлялось около 20 000 тракторов ежегодно. К тому моменту уже был запущен в серийное производство трактор МТЗ-80, который стал одним из самых популярных тракторов в мире. Только лишь к 1995 году согласно официальным данным завод выпустил около 1 500 000 экземпляров этой модели, выпуск которой продолжается и в наши дни, правда теперь уже под названием «Беларус-80».
В 1975 году произошла реорганизация предприятия, в результате которой было основано производственное объединение Минский Тракторный Завод. В его состав, помимо, собственно, самого завода, вошли ещё четыре подразделения: Бобруйский завод тракторных деталей и агрегатов, Завод специнструмента и техоснастки, Головное конструкторское бюро по универсально-пропашным тракторам, а также Витебский завод тракторных запчастей.
Во второй половине 70-х предприятие занялось развитием нового направления – производством мини-техники. Первыми моделями таких «тракторов» были мотоблоки МТЗ-05, МТЗ-6, МТЗ-08, а также МТЗ-12 (цифра в индексе модели свидетельствовала о мощности установленного двигателя – так, к примеру, МТЗ-12 обладал 12-сильным агрегатом). В конце 70-х был презентован и минитрактор МТЗ-082, обладавший таким же 12-сильным двигателем
.
1984 год стал знаковым в истории развития завода. 24 марта этого года с конвейера сошёл 2-миллионный экземпляр трактора «Беларус». Кроме того, именно в 1984 дебютировал колёсный универсальный пропашный трактор МТЗ-102, оборудованный 100-сильным мотором. Ещё через год был представлен и МТЗ-142 – мощность двигателя этого трактора достигла уже 150 «лошадок». А в 1986 мир узнал о малогабаритном тракторе МТЗ-220, на который устанавливался 220-сильный агрегат.
В последующие 10 лет Минский Тракторный Завод не радовал тех, кто нуждался в качественной сельскохозяйственной технике, новыми разработками, и лишь в 1994 году в свет вышел 130-сильный «Беларус-1221».
Это трактор, который можно было смело назвать трактором нового поколения. А уже в следующем году с заводского конвейера предприятия сошёл 3-миллионный экземпляр трактора производства МТЗ.
В конце прошлого века МТЗ укрепил своё лидерство в области производства спецтехники на территории стран СНГ – доля Минского Тракторного Завода составила без малого 60% всего уровня производства специальной и сельскохозяйственной техники во всём бывшем Советском Союзе. Укрепило же это лидерство создание в 1999 году 250-сильного универсального трактора МТЗ-2522, а в 2000 – гусеничного трактора Беларус-1802. В то же время предприятие получило сертификат соответствия системы качества ISO-9001, ещё раз подтвердив свой высокий статус.
В 2002 году в Киеве открылось подразделение Минского Тракторного Завода – это был конвейер, который специализировался на сборке тракторов «Беларус». А уже в следующем году на главном конвейере МТЗ показалась модель МТЗ-2822, которая стала мощнейшей среди всех колёсных тракторов, произведённых до этого – мощность двигателя этого трактора составила 280 «лошадок».
Предприятие продолжало активно развиваться. В 2004 году состав производственного объединения пополнился новыми заводами: Мозырьским машиностроительным заводом, Гомельским заводом «Гидропривод» и Минским заводом шестерён (вместе с филиалами этих предприятий). В следующем году был произведён уже 40-тысячный трактор линейки «Беларус».
60-летний юбилей Минский Тракторный Завод отпраздновал в 2006 году. К этому празднику сотрудники предприятия подготовили большой сюрприз – 450-сильный трактор всё той же серии «Беларус», который стал самым мощным трактором во всём мире. В следующем году была выпущена ещё одна новая модель – Беларус-2822ДЦ, на которую был установлен 280-сильный силовой агрегат немецкого производства. Последней же на сегодняшней день моделью, удивившей мир, стал трактор Беларус-3023, который был представлен на выставке в Ганновере в ноябре 2009 года. Этот инновационный трактор отличается не только особой мощью, но и позволяет снизить расход топлива на 15-20%.
ПО Минский Тракторный Завод – современное предприятие, продолжающее активное развитие. По состоянию на середину 2010 года в состав производственного объединения МТЗ входит 12 мощных заводов на территории Беларуси, многие из которых и обеспечивают тракторный завод расходными материалами.
модели, технические характеристики, отзывы :: SYL.ru
Минитракторы МТЗ могут эксплуатироваться в самых разных отраслях народного хозяйства и пользуются у потребителей просто огромной популярностью. Модификаций этой производительной и надежной техники на рынке сегодня существует множество. И все мини-трактора Минского завода имеют просто отличные эксплуатационные характеристики.
История модели
Первый мини-трактор МТЗ сошел с конвейера предприятия в 1978 году. Это была универсальная модель 082. Разрабатывался этот трактор с учетом как собственного опыта Минского завода, так и зарубежных производителей подобной техники. Выпускался МТЗ-082 предприятием почти 20 лет — до 1986 года.
Позднее инженерами завода были разработаны и другие, более совершенные мини-трактора.
Модельный ряд
Помимо универсальных, Минский завод поставляет, в том числе и в Россию, и специализированные минитрактора МТЗ. Модельный ряд предприятия на первичном и вторичном рынке в наше время представлен универсальной техникой:
- МТЗ-82;
- «Беларус» 132Н;
- «Беларус» 320;
- МТЗ-321.
На базе этих моделей создано также несколько модификаций — в основном погрузчики и экскаваторы.
Сфера использования
Чаще всего универсальные минитракторы МТЗ используются, конечно же, в сельском хозяйстве. Однако достаточно востребована эта техника и в таких сферах, как:
- коммунальное хозяйство;
- строительство;
- транспортировка грузов.
Мини-погрузчики МТЗ могут использоваться, к примеру, при уборке мусора, на складах промышленных предприятий, на лесозаготовках. Экскаваторы МТЗ этого класса часто применяются при ремонте коммуникаций.
Технические характеристики моделей
Продуманная конструкция, надежность и производительность — это, безусловно, то, чем отличается минитрактор МТЗ. Технические характеристики все модели Минского завода имеют просто отличные.
Модель/Характеристика | 082 | 132Н | 320 | 321 |
Марка двигателя | СК-12 | Honda GX390 | LDW 1503 NR | LDW 1603/B3 |
Мощность | 12 л/с | 13 л/с | 33,5 л/с | 36 л/с |
Число передач вперед/назад | 4/3 | 16/8 | ||
Скорость движения вперед/назад | 1-25/1,83-13,87 км/ч | 2,83-17,72/4,03-12,94 км/ч | 1-25,2/1,8-13,3 км/ч | |
Как можно видеть из таблицы, две последние модели этого производителя имеют намного большую мощность.
Но и стоят, конечно же, трактора МТЗ-320 и 321 намного дороже, чем 082 и 132Н.
Мини-трактор МТЗ-082
Эта универсальная модель оснащается четырехтактным двухцилиндровым двигателем СК-12. В некоторых случаях трактор 082 может комплектоваться и агрегатом Briggs&Stratton американского производства. Оба этих мотора допускается заправлять бензином марок от Аи-80 до Аи-95. Коробку передач этот трактор имеет многоступенчатую механическую с постоянным закреплением шестерен. Такая конструкция у механизаторов считается достаточно надежной.
Относится МТЗ-082 к группе полноприводных и отличается повышенной проходимостью. При необходимости на этой технике можно, в том числе отключить и дифференциал. Навесное оборудование для минитрактора МТЗ-082 используется самое разное. Помимо сельскохозяйственных инструментов его можно агрегатировать, к примеру, снегоочистителем или щеткой. В общей сложности с этим трактором допускается использовать порядка 50 видов самого разного навесного оборудования.
В комплекте с этой моделью, как и со всеми другими производства МТЗ, никакие инструменты не идут. При необходимости покупать их следует отдельно. Достать навесное оборудование для этих тракторов в наше время не слишком сложно, в том числе и в России.
Модели МТЗ-132Н
Помимо двигателя Honda GX390 эта модель может комплектоваться агрегатом Lifan LF188FB. В качестве горючего для трактора используется бензин марки Аи-92. Коробка передач у 132Н четырехступенчатая, надежная. Трансмиссия на тракторе предусмотрена механического типа с замкнутой муфтой сцепления. Гидросистема модели дополнена трехсекционным распределителем. Помимо сельскохозяйственного, с этим трактором может агрегатироваться и бульдозерное оборудование.
Конструкция этой модели предусматривает, в том числе и возможность регулировки колеи от 600 до 800 мм. Задний привод при необходимости допускается отключать.
Трактора 320 и 321
Эти минитракторы МТЗ имеют небольшие габариты и отличаются высокой степенью маневренности.
МТЗ-320 и 321 могут развивать тяговое усилие до 6 кН. Трансмиссия на этих моделях предусмотрена механическая. Дифференциал переднего моста у них блокируется автоматически, а заднего — вручную. У трактора 320 предусмотрен передний привод. В настоящее время Минским заводом выпускается три его модификации, имеющие разную мощность и габариты — МТЗ 320.3, 320.4,320.5. Бездорожья эти мини-трактора совершенно не боятся. При желании с их помощью можно выполнять сельскохозяйственные работы и на местности с небольшим уклоном.
Отличительной особенностью новых трактором МТЗ-320 и 321 является современное оформление кабины. Салон моделей имеет отличную звукоизоляцию и оборудуется системой отопления. Положение рулевой колонки этих тракторов, а также сиденье водителя при необходимости можно регулировать. Управление навесным оборудованием в этих моделях вынесено на приборную панель, что, конечно же, очень удобно для машиниста.
Сравнение с аналогами
Разумеется, сегодня на рынке существуют мини-трактора не только производства Минского завода.
При желании в РФ или странах бывшего СНГ можно приобрести и другую подобную технику, как российского, так и зарубежного производства. Из отечественных моделей наибольшей популярностью у потребителей пользуется «Владимирец». По габаритам эти трактора практически идентичны МТЗ-320. Но при этом они имеют меньшую мощность (25 л/с) и больший вес.
Также на рынке сегодня реализуются российские трактора «Уралец». Самая мощная модель этой серии (22 л/с), как и МТЗ-320, имеет блокировку дифференциала. Может регулироваться у нее и колея. Самая дешевая модификация «Уральца» имеет мощность всего в 16 л/с.
Из импортных моделей по техническим характеристикам к МТЗ ближе всего приближены трактора китайского производства «Синтай». Эти модели также отличаются меньшей, чем у МТЗ, мощностью. К тому же поставляются на российский рынок они без кабины. У механизаторов эта техника считается достаточно качественной, но не слишком удобной в работе.
Минитракторы МТЗ: отзывы потребителей
Мнение у механизаторов, строителей и коммунальщиков о технике производства Минского завода сложилось, конечно же, очень хорошее.
Большинство потребителей хвалит эти маленькие, но мощные модели не только за надежность, но и за нетребовательность в отношении топлива и обслуживания. В плане комфортности, да и производительности, минитракторы МТЗ японским моделям, конечно же, уступают. Однако китайские аналоги при этом они превосходят практически по всем параметрам. Именно такой вывод можно сделать, узнав отзывы потребителей об этой технике.
Некоторым недостатком даже самых последних моделей мини-тракторов МТЗ механизаторы считают отсутствие кондиционера в кабине. К минусам 132Н потребители относят также слишком уж маленькие колеса. При выполнении разного рода сельскохозяйственных работ этот достаточно мощный трактор даже может задевать днищем за рыхлую землю.
Сколько стоит минитрактор МТЗ на рынке
К достоинствам техники производства Минского завода потребители относят, помимо всего прочего, и довольно-таки невысокую цену. Так, стоимость трактора МТЗ-082 составляет всего примерно 150-180 тыс. р. в зависимости от года выпуска.
Модели 132Н продаются на рынке примерно за 230 тыс. р. За трактора 320 и 321 просят обычно 250-650 тыс. р. Наиболее востребованной моделью Минского завода из всех рассмотренных выше является 320-я. Именно такой трактор фермеры и коммунальщики покупают сегодня чаще всего.
Часто задаваемые вопросы о моделировании
Что делать, если автосборка говорит «эта версия недостаточно велика»?
Autobuild пытается автоматически определить размер решения или решения, но если ваши данные имеют очень высокое разрешение или очень большую элементарную ячейку, вы можно получить сообщение:
******************************************************* * Извините, эта версия кажется недостаточно большой... (Текущее значение isizeit равно 30) К сожалению, ваш компьютер принимает только размер 30 с вашими текущими настройками. Можно попробовать уменьшить разрешение Вы можете попробовать "coarse_grid", чтобы уменьшить память Вы можете попробовать «неограниченно», разрешить полное использование памяти ******************************************************* *
Вы не можете избавиться от этой проблемы, указав разрешение с
разрешение=4.
0, потому что автосборка
используйте отсечку разрешения, которую вы указали
во всех расчетах, но данные в высоком разрешении по-прежнему переносятся.
Самое простое решение этой проблемы — отредактировать файл данных, чтобы данные разрешения. Вы можете сделать это так:
phenix.reflection_file_converter huge.sca --sca=big.sca --разрешение=4.0
или в графическом интерфейсе используйте редактор файлов отражения.
Второе решение — указать автосборке игнорировать данные высокого разрешения явно с помощью одной из этих команд (в командной строке или в графическом интерфейсе):
resolve_command="'разрешение 200 4.0'" solve_command="'разрешение 200 4.0'" resolve_pattern_command="'разрешение 200 4.0'"
Обратите внимание на два набора кавычек; оба необходимы для этого ввода командной строки. В графическом интерфейсе требуется только один набор кавычек.
Эти команды применяются после всех других входных данных в resolve/solve/resolve_pattern, поэтому все данные за пределами этих ограничений будут игнорироваться.
Почему мне не разрешено использовать файл с FAVG SIGFAVG DANO SIGDANO в автосборке?
Группа колонн МТЗ FAVG SIGFAVG DANO SIGDANO особенная, обычно не следует использовать в Phenix. Причина в том, что Phenix хранит это данные как F+ SIGF+ F- SIGF-, но в процессе преобразования между F+/F- и FAVG/DANO, информация потеряна. Поэтому вы должны обычно предоставлять данные файлы с F+ SIGF+ F- SIGF- (или интенсивностью) или полностью объединенные данные (F,SIG) к подпрограммам Phenix. В качестве особого случая, если у вас есть аномальные данные, сохраненные как FAVG SIGFAVG DANO SIGDANO вы можете поставить это на autosol, однако для этого требуется либо (1) вы предоставляете файл уточнения с F SIG, либо (2) ваш файл данных имеет отдельную пару столбцов F SIG (кроме столбцы FAVG SIGFAVG, входящие в группу FAVG/DANO).
Как задать маску для модификации плотности в autosol/autobuild/?
В автосборке вы можете просто использовать команду:
mask_from_pdb = my_mask_file.pdb rad_mask_from_pdb = 2
pdb
rad_mask_from_pdb = 2
, где в файле my_mask_file.pdb есть атомы, обозначающие маскируемую область. Все точки внутри rad_mask_from_pdb атома в my_mask_file.pdb будут считается внутри маски.
Если вы хотите указать маску в автосоле, добавьте эту команду:
resolve_command_list="'модель ../../coords.pdb' 'use_model_mask'"
, где есть » и ‘ кавычки и coords.pdb — это модель, используемая для маска. Обратите внимание на «../../», потому что coords.pdb находится в ваш рабочий каталог, но когда разрешение запускает каталог запуска на 2 каталога ниже, поэтому относительно этого каталога ваш coords.pdb в «../../coords.pdb».
Вы будете знать, что это работает, если ваш файл resolve_xx.log говорит:
Использование маски модели, рассчитанной по координатам
Примечание: эта команда лучше всего подходит для использования с ключевым словом
maps_only=True, потому что phenix.autobuild также
использует model=…, так что итеративное построение модели может не работать
совершенно правильно в данном случае.
Две части, которые могут не работать
правильно «build_outside_model» (который будет использовать вашу модель в качестве
маска, а не текущая), и оценка_модель (которая будет
оценивайте свою начальную модель, а не текущую модель).
Что мне делать, если автосборка говорит, что ПОПЫТАЛАСЬ, resolve_extra_huge … но не в порядке?
В большинстве случаев, когда вы получаете эту ошибку в phenix:
ПОПЫТАЛСЯ resolve_extra_huge ... но не ОК
это на самом деле означает «на вашем компьютере недостаточно памяти для запустить resolve_extra_huge». Если это так, то вы как бы застрял, если у вас нет другого компьютера с еще большим объемом памяти + подкачки, или вы урезаете разрешение входных данных (обратите внимание, что у вас есть фактически понизить разрешение во входном файле, а не просто установите «разрешение =», потому что все данные сохраняются, но не используются, если вы Просто установите разрешение).
Вы также можете попробовать ключевое слово:
resolve_command_list="'грубая_сетка'"
(обратите внимание на 2 набора кавычек)
Иногда может появиться сообщение «Не в порядке», если ваша система и PHENIX не
сопоставление, так что разрешить или решить вообще нельзя.
Вы можете проверить это
набрав:
phenix.resolve
, и если он загрузится (просто введите QUIT или END или Control-C, чтобы завершить его), то он запускается, а если нет, то системное несоответствие.
Как запустить AutoBuild в кластере?
Phenix.autobuild настроен так, что вы можете указать количество процессоры (nproc) и количество пакетов (nbatch). Дополнительно вам нужно будет установить еще два параметра:
run_command ="команда, которую вы используете для отправки задания в вашу систему" background=False # возможно false, если это кластер, true, если это многопроцессорная машина
Если у вас есть система очереди с 20 узлами, то вы, вероятно, отправляете задания что-то вроде:
"qsub -someflags myjob.sh" # где someflags - это используемые вами флаги
(или просто «qsub myjob.sh», если нет флагов)
Тогда вы можете использовать:
run_command="qsub -someflags" background=False nproc=20 nbatch=20
Если вместо этого у вас есть 20-процессорная машина, вы можете сказать:
run_command=sh background=True nproc=20 nbatch=20
, чтобы он запускал ваши задания с помощью sh на вашей машине и запускал их все
в фоновом режиме (т.
е. все одновременно).
Почему автосборка говорит, что выполняет 2 цикла перестроения, хотя я указал один?
Мастер AutoBuild добавляет цикл непосредственно перед циклами перестроения, в которых ничего не происходит, кроме уточнения и группировки моделей из любых предыдущих циклы сборки.
В чем разница между total_best.pdb и cycle_best_1.pdb в автосборке?
Автосборка сохраняет лучшую модель (и файл коэффициентов карты и т. д.) для каждого цикла сборки nn как cycle_best_nn.pdb. Также Мастер копирует текущая общая лучшая модель в total_best.pdb. Таким образом, вы всегда можете потяните файл total_best.pdb, и вы получите текущую лучшую модель. Если вы подождете до конца прогона, вы получите сводку со списком файлы, соответствующие лучшей модели. Они будут иметь одинаковое содержимое как файлы total_best.
Как указать автосборке использовать для построения модели карты phenix.refine вместо карт с измененной плотностью?
Чтобы использовать карты phenix.
refine вместо карт с измененной плотностью, используйте ключевое слово
two_fofc_in_rebuild=Истина.
Как включить двойной закон для уточнения в автосборке?
Вы можете включить закон близнецов в автосборку для уточнения с помощью ключевого слова Refine_eff_file=refinement_params.eff, где Refinement_params.eff говорит что-то вроде:
уточнение {
побратимство {
twin_law = "-k, -h, -l"
}
}
(Вы можете получить закон близнецов «-k, -h, -l» из phenix.xtriage.)
AutoBuild, кажется, занимает много времени. Каково обычное время для бега?
Автопостроение типичных конструкций может занять от 30 минут до нескольких дней.
с помощью одного процессора. Вы можете ускорить свою работу, используя несколько
процессоры с помощью такой команды, как «nproc=4». для автосборки вас
Таким образом можно ускорить до 5 раз. Вы также можете ускорить
задания автосборки reboot_in_place (где ваша модель корректируется, а не
построен с нуля), указав меньшее количество циклов:
«n_cycle_rebuild_max=1» вместо этого будет использовать 1 цикл перестроения
из обычных 5.
Часто этого достаточно.
Почему autoauld выдает ошибку и говорит «Повреждены расчеты градиента»?
Если атом находится очень близко к определенному положению, то иногда уточнение завершится ошибкой и появится сообщение об ошибке, начинающееся с Распечатывается сообщение «Поврежденные расчеты градиента». Если начало Файл PDB имеет атом рядом с особым положением, тогда лучше всего сделать это отодвиньте его от специального положения. Если AutoBuild строит модель, которая имеет эту проблему, то может быть проще перезапустить задание, указав «ignore_errors_in_subprocess=True», что должно разрешить продолжить после этой ошибки (просто проигнорировав этот шаг уточнения). Ты также можно попробовать установить correct_special_position_tolerance=0 (чтобы отключить проверка) или correct_special_position_tolerance=5 (чтобы проверить более широкий диапазон расстояний от спецпозиции; по умолчанию=1).
Почему автосборка выдает ошибку и говорит, что не может найти файл TEMP?
По умолчанию автосборка разбивает задания на одну или несколько частей
(определяется параметром «nbatch») и запускается
их как подпроцессы.
Они могут работать последовательно или параллельно,
в зависимости от значения параметра «nproc». В некоторых случаях
выполнение подпроцессов может привести к временным ошибкам, из-за которых файл
не записан полностью до того, как он будет прочитан следующим процессом. Это появляется
чаще, когда задания выполняются на дисках, подключенных к nfs, чем на локальном диске.
Если это происходит, решение состоит в том, чтобы установить параметр «nbatch=1»
чтобы задания не запускались как подпроцессы.
Вы также можете указать «number_of_parallel_models=1»
который будет делать то же самое. Обратите внимание, что изменение
значение «nbatch» обычно меняет результаты запуска
Волшебник. (Изменение значения «nproc» не меняет результаты,
изменяется только количество заданий, выполняемых одновременно.)
Можно ли заставить phenix.autobuild НЕ удалять несколько конформеры при выполнении SA-карты пропуска?
В настоящее время, если вы введете несколько конформаций белка
autobuild примет только конформацию 1 и проигнорирует остальные.
В качестве обходного пути вы можете попробовать следующее: назовите весь белок «лигандом». и поместите его таким образом (нужно дать ему один полный остаток в модель как «one_residue.pdb» (или любую часть модели, которая имеет только один конформация):
phenix.autobuild data=data.mtz \ модель=один_остаток.pdb \ input_lig_file_list=model.pdb \ Composite_omit_type=sa_omit
Autobuild рассматривает лиганды как фиксированную структуру во время построения модели и в пропустить карты, корректируемые только во время уточнения, что вы и хотите в этом кейс.
Почему автосборка останавливается через несколько секунд?
Когда вы запускаете автосборку из командной строки, она записывает вывод в файл и говорит что-то вроде:
Отправка выходных данных в AutoBuild_run_3_/AutoBuild_run_3_1.log
Обычно, если что-то пойдет не так с вводом, он выдаст вам
сообщение об ошибке прямо на экране. Однако некоторые типы ошибок
записывается в файл журнала, поэтому, если автосборка просто останавливается через несколько секунд,
взгляните на этот файл журнала, и он должен иметь сообщение об ошибке в
конец файла.
Что такое несоответствие флагов без R?
При запуске autoBuild или phenix.refine вы можете получить это сообщение об ошибке или аналогичный:
******************************************************* ********** Не удалось выполнить AutoBuild_build_cycle: Устраните несоответствие флагов R-free. ******************************************************* **********
Phenix.refine отслеживает, какие отражения используются в качестве тестового набора (т.е. не используется при уточнении, а только при оценке общих параметров). Идентификатор тестового набора сохраняется в виде шестнадцатеричного дайджеста и записывается в вывод. Файл PDB, созданный phenix.refine как запись REMARK:
ЗАМЕЧАНИЕ r_free_flags.md5.hexdigest 41aea2bced48fbb0fde5c04c7b6fb64
Затем, когда phenix.refine читает PDB-файл и набор данных, он проверяет,
уверен, что тот же тестовый набор будет использоваться для уточнения, как это было
в предыдущей доработке этой модели.
Если это не так, вы получаете
сообщение об ошибке о несоответствии флагов R-free.
Иногда ошибка несоответствия флагов R-free говорит вам о чем-то важно: вам нужно убедиться, что один и тот же набор тестов используется во всем уточнение. В этом случае вам может потребоваться изменить файл данных, который вы используете. чтобы соответствовать тому, который ранее использовался с этим файлом PDB. В качестве альтернативы вы можете необходимо начать уточнение с желаемых данных и тестового набора.
В других случаях предупреждение неприменимо. Если у вас есть два набора данных с тот же набор тестов, но один набор данных имеет одно дополнительное отражение, содержащее нет данных, только индексы, тогда два набора данных будут иметь разные шестнадцатеричные дайджесты даже если они для всех практических целей эквивалентны. В таком случае вы хотели бы игнорировать предупреждение о шестнадцатеричном дайджесте.
Если вы получаете ошибку несоответствия флагов R-free, вы можете указать автосборке игнорировать предупреждение с помощью:
skip_hexdigest = Истина
и вы можете сказать phenix.
refine игнорировать его с помощью:
уточнение.input.r_free_flags.ignore_pdb_hexdigest=Истина
Вы также можете просто удалить запись REMARK из вашего файла PDB, если хотите чтобы игнорировать предупреждения шестнадцатеричного дайджеста.
Можно ли использовать мастер автосборки с низким разрешением?
Стандартное здание с AutoBuild работает не очень хорошо на разрешения ниже около 3-3,2 А. В частности, мастер стремится построить пряди в спиральные области с низким разрешением. Однако вы можете указать «helices_strands_only=True» и мастер просто построит области, которые являются спиральными или бета-листами, используя совсем другой алгоритм. это много быстрее, чем стандартное строительство, но и гораздо менее полное.
Произошел сбой задания OMIT по автоматической сборке композита из-за сбоя компьютера. Могу я продолжать, не переделывая всю проделанную работу?
Да, но это включает несколько шагов:
Снова запустите задание в отдельном каталоге, указав omit_box_start и omit_box_end, чтобы определить, какие области пропуска ты хочешь еще бегать.
Вы можете выяснить, сколько их должно быть
всего из вашего файла журнала, который будет говорить что-то вроде:Запуск отдельных подпроцессов для 12 пропущенных регионов.
Тогда как они есть запуск файла журнала скажет, над чем работают.
Теперь у вас будет 2 подкаталога OMIT/, по одному в каждом ваших запусков AutoBuild.
Поместите все файлы в один каталог, а затем запустите отредактированную версию скрипта ниже, чтобы объединить их:
#!/бин/ш phenix.resolve <
mtz_OMIT_REGION_7
comb_map total_best_denmod_map_coeffs.mtz_OMIT_REGION_8
comb_map total_best_denmod_map_coeffs.mtz_OMIT_REGION_9comb_map total_best_denmod_map_coeffs.mtz_OMIT_REGION_10
comb_map total_best_denmod_map_coeffs.mtz_OMIT_REGION_11
comb_map total_best_denmod_map_coeffs.mtz_OMIT_REGION_12
пропускать
ОВП
Вы можете выяснить, сколько их должно быть
всего из вашего файла журнала, который будет говорить что-то вроде:Вы можете отредактировать это, чтобы оно соответствовало количеству областей OMIT в вашем случае.
Содержит ли база данных распределения плотности RESOLVE примеры РНК/белка?
В базе данных RESOLVE нет ни РНК+белка, ни гистограмм с низким разрешением, но вы можете легко создать новую запись. Вот как:
Найдите структуру PDB с нужными характеристиками «refine_1.pdb»
Рассчитать карту с этой моделью в интересующем вас разрешении:
phenix.fmodel high_resolution=5 Refine_1.pdb
Создание гистограмм с помощью phenix.resolve. Вот скрипт:
#!/бин/ш phenix.
resolve <
resolve <-Теперь в файле hist_values.dat будут ваши гистограммы:
5,002693 32,71021 ! разрешение 1 ! 1=белок 2=растворитель 0.10198E-01 1.8145 0.41525E-01 ! а1 а2 а3 0,14425E-01 0,46920 0,77521 ! а4 а5 а6 0,23653E-06 0,34718E-08 0,0000 ! а7 а8 а9 2 ! 1=белок 2=растворитель 0,27101E-01 6,4460 -0,61802 ! а1 а2 а3 0,12788E-01 0,55421 -0,39797E-02 ! а4 а5 а6 0,0000 0,0000 0,0000 ! а7 а8 а9
Вставьте содержимое hist_values.dat в конец $PHENIX/solve_resolve/ext_ref_files/segments/rho.list . ПРИМЕЧАНИЕ: вам нужна одна пустая строка между разделами и дополнительные 2 пустые строки в самом конце файла... в противном случае разрешение выдаст плохое сообщение об ошибке.
Теперь, когда вы запускаете phenix.resolve... скажите "база данных 7", и она будет использовать ваши новые гистограммы.
Он напишет в лог-файле такое сообщение:Запись БД гистограммы №7 ("5 14.27721 ! resol")
Он напишет в лог-файле такое сообщение:, который должен соответствовать тому, что вы вставили в файл rho.list... чтобы вы знали, что он взял ваши гистограммы.
Если я запускаю автосборку с after_autosol=True, как я узнаю, какой запуск автосол он будет использовать?
Autobuild просмотрит все прогоны autosol и выберет решение с наивысшим окончательным счетом, и используйте его. Вы можете увидеть это рядом с начало автосборки:
Добавление решения 4060.75360229 1 75.3602294036 exptl_fobs_phases_freeR_flags_1.mtzsolve_1.mtz Добавление решения 59.3469818876 2 59.3469818876 Нетsolve_2.mtz Лучшее решение 4060.75360229 1 75.3602294036 exptl_fobs_phases_freeR_flags_1.mtzsolve_1.mtzAutoSol_run_2_
В данном случае потребовался прогон 2 с решениемsolve_1.mtz с оценкой 4060,7 по сравнению с решениемsolve_2.mtz со счетом 59.
Если вы хотите выбрать другое решение autosol, вам нужно будет явно указать автосборке все файлы, которые вы хотите использовать:
phenix.
autobuild data=AutoSol_run_5_/exptl_fobs_freer_flags_3.mtz \
map_file=AutoSol_run_5_/resolve_3.mtz \
seq_file=my_seq_file.seq
Примечания:
- Используйте resolve_xx.mtz как файл карты, а не как файл «данных». Это содержит коэффициенты для карты с измененной плотностью
- Рекомендуется не включать модель из autosol в вашу автосборку бежит. Autobuild намного лучше строит модель.
- Файл данных для автосборки должен быть AutoSol_run_5_/exptl_fobs_freer_flags_3.mtz в данном случае; обратите внимание, что «3» здесь соответствует «3» в файле resolve_3.mtz и относится к решению № 3 запуска 5.
- Чтобы узнать, какие файлы здесь использовать, см. файл AutoBuild_run_5_/AutoBuild_summary.dat, в котором перечислены решения для запуска. 5 и все файлы, прилагаемые к каждому решению.
Есть ли способ использовать автосборку для объединения набора моделей, созданных многозаходный имитация отжига?
Это можно сделать двумя способами.
Оба включают ключевое слово:
рассмотрите_main_chain_list="pdb1.pdb pdb2.pdb pdb3.pdb"
, который позволяет вам предложить набор моделей для автоматической сборки для рассмотрения в Построение модели.
Вы можете использовать это с перестроением_в_месте (все ваши модели должны иметь те же атомы, только с другими координатами):
phenix.autobuild data.mtz map_file=map.mtz seq_file= seq.dat \ модель=coords1.pdb перестроить_в_месте=Истина merge_models=истина \ рассмотрите_main_chain_list = "coords2.pdb coords3.pdb" \ number_of_parallel_models=1 n_cycle_rebuild_max=1
Вы также можете использовать его с параметром reboot_in_place=False (любые фрагменты или модели в порядке):
phenix.autobuild data.mtz map_file=map.mtz seq_file= seq.dat \ модель = coords1.pdb перестроить_в_месте = Ложь \ рассмотрите_main_chain_list = "coords2.pdb coords3.pdb" \ number_of_parallel_models=1 n_cycle_rebuild_max=1
Я запустил AutoSol, чтобы получить частичную модель, которую теперь хочу уточнить.
Какие данные
файл, который я должен дать в качестве входных данных: исходный файл .sca из HKL2000 или файл
total_best_refine_data.mtz от AutoSol?
Всегда используйте файл MTZ, выводимый AutoSol. Он содержит новый набор R-free флаги, которые использовались для уточнения модели; начиная с .sca файл приведет к созданию нового набора флагов, который смещает R-free.
У меня есть частичная модель, которую я использовал в качестве входных данных для AutoBuild. Выходная модель содержит те же атомы и ничего не добавил. Почему не строит дополнительные остатки?
Если входная модель соответствует последовательности (отсечение идентичности выше 50%) и
reboot_in_place = Auto (по умолчанию), AutoBuild будет перестраивать только существующие атомы.
ничего не добавляя и не удаляя. Если задано значение reboot_in_place=False,
вместо этого скажите AutoBuild сгенерировать совершенно новую модель (хотя это также
использовать хорошие части входной модели в процессе), но это рискует выкинуть
некоторые существующие атомы.
В качестве альтернативы см. ответ на следующий вопрос.
У меня есть частичная модель — как мне указать AutoBuild строить новые атомы без менять существующие?
Укажите частичную модель как "лиганды" (input_lig_file_list), и она будет включены в уточнение, но в остальном оставлены в покое. Это может не распространяться на существующие цепи, однако (строить только новые цепи).
Как добавить данные с высоким разрешением и поэтапно расширить карту?
Вы можете сделать это в автосборке с помощью:
phenix.autobuild data=data.mtz нанимает_файл=high_res_data.mtz maps_only=True
Существует множество вариантов использования maps_only=True для определения плотности.
модификация. Вы также можете указать модель с помощью model=mymodel.pdb и
информация о модели будет использоваться при модификации плотности. Если у вас есть
модели вы также можете указать ps_in_rebuild=True, чтобы получить
карта простого переключения.
Когда следует использовать мультикристальное усреднение?
Усреднение по нескольким кристаллам будет полезно, только если кристаллы совершенно разные или амплитуды почти не коррелированы. В случаях, когда есть только небольшие изменения, процедура усреднения почти ничего не отличается в двух структурах для работы, и это не будет делать многое. Другими словами, усреднение по нескольким кристаллам работает потому что два или более очень разных способа дискретизации преобразования Фурье молекулы, и каждый из них должен соответствовать соответствующие измеренные данные. Если молекулы почти одинаковы и измеренные данные почти одинаковы во всех случаях, то есть несколько ограничений на фазы.
Да, экспериментальные фазы могут быть включены в мультикристаллическое усреднение, так же, как для усреднения NCS. И да, экспериментальные фазы наиболее полезны.
Если некоторые области различны в разных кристаллах, то
процедура маскирования должна быть скорректирована, чтобы исключить переменную
области от процесса усреднения.
Могу ли я сделать комбинацию фаз с модифицированной плотностью (частичные фазы модели и экспериментальные фазы) в PHENIX?
Да, вы получите их, если используете:
phenix.autobuild model=partial_model.pdb data=exptl_phases_hl_etc.mtz reboot_in_place = False seq_file = seq.dat
Модель используется для генерации фаз путем изменения статистической плотности модификация. Затем эти фазы объединяются с экспериментальными фазами. и затем объединенные фазы модифицируют по плотности. Тогда результат плотность изменена, включая модель. Итак, файл image.mtz фазы exptl + фазы модели, а image_only_dm.mtz — это image.mtz, плотность изменена. Затем разрешите_work.mtz это image_only_dm.mtz, плотность изменена с использованием модели в качестве цели для модификации плотности вместе с гистограммами, выравниванием растворителя, ncs, и т. д.
Какие у меня есть варианты для карт OMIT, если у меня 4-кратная ось NCS?
Использование ключевого слова omit_box_pdb
это хороший способ исключить один небольшой регион или серию небольших
регионов по одному.
Если вы хотите получить полную карту sa_omit или несколько
регионы, затем пропустите команду omit_box_pdb и позвольте автосборке сделать
составная карта опускания, охватывающая всю а.е.. Используйте omit_box_pdb для определения
один регион, который вы хотите опустить (например, несколько остатков или петля...)
Если у вас есть ncs, вы не можете удобно удалить все копии сразу с помощью omit_box_pdb. Вы можете удалить 4 копии по одной, однако указание списка опущенных регионов. Чтобы опустить список регионов, сделайте это вот так:
omit_res_start_list="100 500" omit_res_end_list="200 600" omit_chain_list="Л М"
, чтобы исключить остатки цепи L 100-200, а затем отдельно присоединить остатки M 500-600.
Не должно иметь большого значения, если вы отключите ncs при выполнении карты пропуска потому что копия ncs не будет использоваться в модификации плотности во время процесс. Однако NCS будет использоваться для ограничения любых координат.
Создание модели трансгенных рыбок данио для регенерации бета-клеток поджелудочной железы
1.
Нафтанел М.А., Харлан Д.М. Трансплантация островков поджелудочной железы. ПЛОС Мед. 2004;1(3):e58. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
2. Hering BJ, Clarke WR, Bridges ND, Eggerman TL, Alejandro R, Bellin MD. и другие. Испытание фазы 3 трансплантации островков человека при диабете 1 типа, осложненном тяжелой гипогликемией. Уход за диабетом. 2016;39(7):1230–40. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
3. Агуайо-Маццукато С., Боннер-Вейр С. Регенерация β-клеток поджелудочной железы как возможная терапия диабета. Клеточный метаб. 2017. [Бесплатная статья PMC] [PubMed]
4. Ломбардо С., Перроне В.Г., Аморезе Г., Вистоли Ф., Баронти В., Маркетти П. и др. Обновленная информация о трансплантации поджелудочной железы при лечении диабета. Минерва Мед. 2017. [PubMed]
5. Shapiro AMJ, Pokrywczynska M, Ricordi C. Клиническая трансплантация островков поджелудочной железы. Нат Рев Эндокринол. 2016.
6. Anazawa T, Iwanaga Y, Masui T, Itoh T, Kawaguchi M, Takaori K.
et al. 10-летний результат трансплантации островков поджелудочной железы. Панкреатология. 2016;16(4):S79. [Google Scholar]
7. Миллман Дж. Р., Се С., Ван Дерворт А., Гюртлер М., Пальюка Ф. В., Мелтон Д. А. Получение β-клеток, полученных из стволовых клеток, у пациентов с диабетом 1 типа. Нац коммун. 2016;7:11463. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
8. Lilly MA, Davis MF, Fabie JE, Terhune EB, Gallicano GI. Современные методы лечения диабета на основе стволовых клеток. Am J Стволовые клетки. 2016;5(3):87. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
9. Razavi R, Najafabadi HS, Abdullah S, Smukler S, Arntfield M, van der Kooy D. Диабет усиливает пролиферацию взрослых мультипотентных клеток-предшественников поджелудочной железы и смещает их дифференцировку. к большему производству β-клеток. Диабет. 2015;64(4):1311–23. [PubMed] [Академия Google]
10. Chera S, Baronnier D, Ghila L, Cigliola V, Jensen JN, Gu G. et al. Лечение сахарного диабета путем возрастной конверсии δ-клеток поджелудочной железы в продуценты инсулина.
Природа. 2014;514(7523):503. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
11. Arends MJ, White ES, Whitelaw CBA. Животные и клеточные модели болезней человека. Джей Патол. 2016;238(2):137–40. [PubMed] [Google Scholar]
12. Таварес Б., Лопес С.С. Важность рыбок данио в биомедицинских исследованиях. Акта Мед Порт. 2013;26(5):583–9.2. [PubMed] [Google Scholar]
13. Андерссон О., Адамс Б.А., Ю Д., Эллис Г.К., Гут П., Райан М. и соавт. Передача сигналов аденозина способствует регенерации β-клеток поджелудочной железы in vivo. Клеточный метаб. 2013;15(6):885–94. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
14. Curado S, Anderson RM, Jungblut B, Mumm J, Schroeter E, Stainier DYR. Условная целенаправленная абляция клеток у рыбок данио: новый инструмент для исследований регенерации. Дев Дин. 2007;236(4):1025–35. [PubMed] [Google Scholar]
15. Fang Y, Lei X, Li X, Chen Y, Xu F, Feng X. et al. Новая модель демиелинизации и ремиелинизации у GFP-трансгенных рыбок данио.
Biol Open [Интернет] 2015;4(1):62–8. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
16. Рубинштейн А.Л. Рыбки данио: от моделирования болезней до открытия лекарств. Curr Opin Drug Discov Dev. 2003;6(2):218–23. [PubMed] [Google Scholar]
17. Lieschke GJ, Currie PD. Модели болезней человека на животных: в поле зрения появляются рыбки данио. Нат Рев Жене. 2007;8(5):353. [PubMed] [Google Scholar]
18. Пишарат Х., Ри Дж. М., Суонсон М. А., Лич С. Д., Парсонс М. Дж. Направленная абляция бета-клеток в поджелудочной железе эмбрионов рыбок данио с использованием нитроредуктазы Ecoli. Мех Дев. 2008; 124(3):218–29.. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
19. Koga A, Suzuki M, Inagaki H, Bessho Y, Hori H. Мобильный элемент в рыбе. Nature [Интернет] 1996, 5 сентября; 383 (6595): 30–30. [PubMed] [Google Scholar]
20. Yang Y, Wang W, Huang T, Ruan W, Cao G. Трансгенез Tol2-опосредованных бесшовно сконструированных векторов экспрессии молочной железы BAC в Mus musculus.
Дж Биотехнолог. 2016; 218:66–72. [PubMed] [Google Scholar]
21. Макдональд Дж., Тейлор Л., Шерман А., Каваками К., Такахаши Ю., Санг Х.М. и другие. Эффективная генетическая модификация и передача по зародышевой линии первичных половых клеток с использованием транспозонов piggyBac и Tol2. Proc Natl Acad Sci [Интернет] 2012 5 июня; 109(23): E1466–72. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
22. Kawakami K. Tol2: универсальный вектор переноса генов у позвоночных. Геном биол. 2007;8(1):S7. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
23. Curado S, Stainier DYR, Anderson RM. Опосредованная нитроредуктазой абляция клеток/тканей у рыбок данио: пространственно и временно контролируемый метод абляции с применением в исследованиях развития и регенерации. Нат Проток. 2008;3(6):948. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
24. Белый DT, Mumm JS. Нитроредуктазная система индуцируемой направленной абляции облегчает клеточно-специфические регенеративные исследования у рыбок данио. Методы. 2013;62(3):232–40. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
25. Huang J, Mckee M, Huang HD, Xiang A, Davidson AJ, Lu HAJ. Модель условной направленной абляции и регенерации подоцитов у рыбок данио. почки инт. 2013;83(6):1193. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
26. Kwan KM, Fujimoto E, Grabher C, Mangum BD, Hardy ME, Campbell DS. и другие. Tol2kit: многосайтовый строительный набор на основе шлюза для конструкций трансгенеза транспозона Tol2. Дев Дин. 2007; 236(11):3088–9.9. [PubMed] [Google Scholar]
27. Kawakami K, Takeda H, Kawakami N, Kobayashi M, Matsuda N, Mishina M. Подход с транспозон-опосредованной генной ловушкой идентифицирует гены, регулируемые развитием, у рыбок данио. Ячейка Дев. 2004;7(1):133–44. [PubMed] [Google Scholar]
28. Grabher C, Wittbrodt J. Мегануклеаза и транспозон-опосредованный трансгенез в медаке. Геном биол. 2007;8(1):S10. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [Google Scholar]
29. Rembold M, Lahiri K, Foulkes NS, Wittbrodt J.
